シングルスレッド、マルチスレッド、マルチプロセスを意識しないで動作するよう内部設計を変えている途中で、まあそれなりにうまくいくかもというところです。シングルスレッドでは多少遅くなるかもしれませんが、１つ、２つAPI呼び出しが増えてもそれど遅くならないでしょう。
タスクバーサムネイルが出るようになりましたが、スレッド（おそらくプロセスも）が違うとITaskbarList3::SetTabOrderが失敗してしまいました。仕方ないので、SetTabOrderのhwndInsertBeforeにNULLを渡して、後ろにどんどんずらしていく、というのは大変そうなのでどうしよう、、
追記）SetTabOrderの失敗は、間違ったHWNDを渡しているだけでした。SetTabOrderって別のプロセスがRegisterTabしても成功してます。